En 1970 se iniciaron las gestiones con el Instituto de Migraciones de España que quería tener un equipo de fútbol real madrid camiseta en Uruguay. De esta manera, el primer combinado nacional fue formado en el 2006, en vista de la primera participación en una eliminatoria de Concacaf que se realizaría en Acapulco, México, el año siguiente. En el Torneo Clausura de 2006, llegan refuerzos como Daniel González, Nicolás Diez, Cristián Canío, Fernando Meneses y el seleccionado venezolano Giancarlo Maldonado, artífices de una de las mejores campañas en la historia del club, quedando en segundo lugar. Para el Torneo Apertura de 2007, llegan refuerzos como Herly Alcázar, Adrián Rojas y Miguel Aceval. Para 2009 llegaron jugadores como César Taborda, Albert Acevedo, Fernando Meneses y Samuel Teuber. En su regreso a primera división, en el año 2006 y con el DT Óscar Meneses el cuadro se refuerza con Joel Soto, Marco Olea, Marco Millape y los extranjeros Diego Guidi y Mariano Messera. Jugadores que tuvieron participación en el torneo: Roberto González, Braulio Leal, Albert Acevedo, Benjamín Vidal, Juan Manuel Cobo, César Fuentes, Luis Pedro Figueroa, Yerson Opazo, Pablo Calandria, Pedro Pablo Hernández, Gastón Lezcano, Paulo Garcés, Gonzalo Barriga, Nicolás Vargas, Diego Chaves, Osmán Huerta, Carlos Escobar, Raúl Osorio, Mariano Uglessich, Roberto Órdenes, Bastián San Juan, Juan Fuentes, Fernando Vásquez y Felipe Ochagavía.
Jugadores que tuvieron participación en el torneo: Roberto González, Braulio Leal, Bastián San Juan, Benjamín Vidal, Julio Alberto Barroso, César Fuentes, Luis Pedro Figueroa, Yerson Opazo, Pablo Calandria, Pedro Pablo Hernández, Francisco Pizarro, Paulo Garcés, Gonzalo Barriga, Claudio Meneses, Osmán Huerta, Fernando Gutiérrez, Carlos Escobar, Raúl Osorio, Mariano Uglessich, Roberto Órdenes, Alejandro López, Nicolás Vargas, Juan Fuentes, Fernando Vásquez y Felipe Ochagavía. La fecha 3 vuelven a recibir de local esta vez a Cerro Porteño incluso el partido era a favor de los celestes ganaban por 2 goles a 0 Alejandro López de tiro libre y Luis Pedro Figueroa, pero debido a la expulsión de Braulio Leal bajan el nivel de juego y los guaraníes empatan el partido con goles de Rodolfo Gamarra y Julio Dos Santos. El esquema planteado por Ivo Basay sería así: Luis Marín en portería, línea de 4 defensiva, conformada por Mauricio Arias, Cristián Oviedo, Diego Olate o Juan Luis González y Yerson Opazo. Para el Apertura 2014 el nuevo técnico celeste es Facundo Sava, llegan jugadores como Luis Valenzuela luego de su paso por Deportes Antofagasta, Hans Martínez que venía sin regularidad de Almería, el uruguayo Octavio Rivero, quién venía a reemplazar al goleador Pablo Calandria que no fue inscrito en el torneo por una lesión de meniscos, y los trasandinos Jorge Carranza, Damián Lizio y Fernando Elizari en aquel campeonato comienza con un triunfo por 2-1 a Unión La Calera, luego en la fecha siguiente pierde contra la Universidad de Chile en Rancagua.
Finalizado el encuentro, el árbitro Enrique Osses fue blanco de críticas que lo responsabilizaban del triunfo azul. Una vez finalizado el encuentro los más de 200 hinchas de O’Higgins debían regresar a su ciudad, algunos hinchas de la barra del club Trinchera Celeste tenían presupuestado viajar a Dichato para celebrar el triunfo conseguido. Añadir que en ella, por primera vez en su historia, camisetas futbol baratas el conjunto español venció en tierras checas. Por otra parte, llegó por primera vez a Castilla-La Mancha el concurso Date el bote con Belinda Washington como presentadora. El año 2010 Roberto Hernández es contratado como DT. El primer partido se jugó contra Lanús en el Estadio Ciudad de Lanús donde finaliza el partido con un empate a 0 donde destacó la figura de Pedro Pablo Hernández debido a su gran actuación e incluso el partido debió haberlo ganado los rancagüinos. De ahí en más el club cae en una irregularidad dentro del torneo, solo se destaca la derrota a Colo-Colo en el Estadio Monumental por 3-2 con gran participación de Octavio Rivero que convirtió 2 tantos, que al final del torneo es el goleador del equipo con 10 goles. En la siguiente fecha, empata con Audax Italiano así se fue dando el torneo poco a poco, el equipo fue tomando confianza logrando victorias muy importantes como ganarle a Cobresal en El Salvador, a Cobreloa, Universidad de Concepción, Universidad Católica, Unión Española y Unión La Calera en los minutos finales, logrando una racha ganadora importante en aquel campeonato, donde sólo pierde 2 partidos contra Palestino y Colo-Colo.
En dicha eliminatoria, también conocida como «repesca», venció a la selección eslovaca por un global de 6-2 y logró con ello clasificarse para la fase final. En la segunda fase de grupos, fueron encuadrados en el Grupo B con Alemania Federal y España. Galicia y Asturias fueron incluidas en el Grupo 1º, aportando tres equipos cada una, formando así un campeonato de seis equipos. En el Torneo Clausura 2007, el equipo realiza una buena campaña, que lo ubica primero en su grupo. En el Torneo Clausura 2015 luego del despido de Facundo Sava, Pablo Sánchez toma el equipo, se incorporan a la plantilla Hugo Droguett que venía de Corea del Sur y Sebastián Pinto, quién retornaba a la institución después de su paso el año 2011. En el campeonato se finaliza en la novena posición, clasificando por descarte a la Liguilla Pre-Sudamericana 2015 debido a que clubes como Universidad de Concepción, Universidad de Chile, Huachipato ya estaban clasificados al torneo internacional. El torneo de Clausura 2014 O’Higgins finaliza en la tercera posición con 30 puntos, en la tabla acumulada como segundo con 69 puntos y un rendimiento de 69,65% lo que lo llevó a jugar la Supercopa de Chile por ser el mejor campeón ubicado en la tabla general, (superó a Colo-Colo, campeón del torneo).