Palacio de Deportes de Huelva que, por primera vez en su historia, registraba un lleno absoluto (más de 5.000 espectadores), el Baloncesto Fuenlabrada se agarró a la eliminatoria venciendo (85-91) en un ajustadísimo partido. Con la llegada del vallecaucano el rojo capitalino dominó durante casi todo el torneo, obteniendo un invicto de 6 fechas al comienzo del campeonato, clasificándose de esta manera a los cuadrangulares semifinales como tercero en la tabla de posiciones con 35 puntos, uno menos que los líderes y posteriores finalistas Once Caldas y Deportes Tolima. Sin embargo esto no se vio reflejado a lo largo del torneo, lo que llevó a la renuncia del técnico Néstor Otero después de caer como visitante 2-0 frente a América de Cali en la fecha 7. Tomó el control del equipo para las últimas 11 fechas un viejo conocido de las divisiones inferiores, Arturo Boyacá. Dos veces MVP y considerado el mejor tirador de todos los tiempos, el base de la franquicia de San Francisco está en cuanto a números en uno de los mejores momentos de su carrera, que ya es decir. Nómina campeona en Copa Colombia 2009: Agustín Julio, Sergio Otálvaro, Andrés Felipe González, Carlos Enrique Valdés, Ricardo Villarraga, Maximiliano Flotta, Yulián Anchico, Juan Carlos Quintero, Luis Manuel Seijas, Julio Gutiérrez, Cristian Nazarit, Camilo Vargas, Jairo Suárez, Omar Sebastián Pérez, Mario Efrain Gómez, Mario Alejandro González, Daniel Alejandro Torres, Daniel Vélez, Emanuel Acosta, Francisco Pacho Delgado, Javier Arizala, Alejandro Bernal, Osneider Álvarez, Daniel Néculman, José Adolfo Trencito Valencia, Yovanny Arrechea, Diego Fernando Moreno, Misael Camargo, y Carlos Mario Castro.
Nómina subcampeona Torneo Apertura 2005: Luis Neco Martínez, Nelson Rolo Flórez, Nelson Olveira, Francisco Nájera, Francisco Pacho Delgado, Juan Carlos Ramírez, Carlos Ganiza Ortiz, Aldo Leao Ramírez, Mario Gómez, Luis Yanes, Víctor Cortés. En el partido de ida, en Bogotá, Santa Fe empató con Atlético Nacional 0-0, mientras que en Medellín perdió 2-0, después de que Luis Yanes desperdiciara un claro contragolpe que tuvo junto a Juan Carlos Toja. Suplentes: Fabián Carabalí, John Freddy Tierradentro, Pablo César Pachón, Jairo Suárez, Juan Carlos Toja, Daniel Gamarra, Léider Preciado. Debido a ese hecho y una polémica entre el entrenador y el periodista Carlos Antonio Vélez por la posible llegada de Hernán Darío Gómez a dirigir a Santa Fe, camisetas basket el técnico Pecoso dejó su cargo al término del torneo. Para el Torneo Finalización 2006, Ricardo Gareca dimite a su cargo en la octava jornada luego de la goleada sufrida por Santa Fe 1-4 frente al Deportivo Pereira en el Estadio El Campín. El técnico Germán Basílico González deja su cargo y se posesiona en el mismo el argentino Ricardo Gareca.
Renuncia al final de la temporada con un título en su haber el profesor Germán Basílico González. Su mejor actuación en esta primera temporada fue el 25 de marzo, firmando 24 puntos y 13 rebotes en 36 minutos ante los San Antonio Spurs. Heriberto Niño se encargó de la dirección técnica las últimas tres fechas, y Santa Fe terminó en el puesto 14 con 21 puntos. Dirección Técnica: Fernando Pecoso Castro. Néstor Otero a la dirección técnica de Santa Fe. En el certamen, Santa Fe fue el mejor club colombiano. En esa fase, el club ‘Cardenal’ quedó último del Grupo A, siendo superado por Atlético Nacional, Deportivo Cali y Boyacá Chicó. En el Finalización estuvo dentro de los ocho primeros hasta la última fecha, cuando cayó de visitante ante el Once Caldas por 0-2, por lo que quedó noveno con 32 puntos, los mismos que Atlético Nacional, pero con menor diferencia de gol, quedando afuera de los cuadrangulares de ese torneo. El 3 de mayo, luego del empate 1-1 frente a Atlético Nacional, Bolillo renunció de nuevo, pero esa vez los directivos de Santa Fe aceptaron su dimisión. Santa Fe comenzó la temporada 2006 clasificando a la fase de grupos de la Copa Libertadores 2006, luego de empatar sus dos juegos contra el Defensor Sporting de Uruguay, pero gracias a sus anotaciones como visitante en el empate 2-2 en Montevideo, y la paridad 0-0 en Bogotá, el equipo bogotano se logra ubicar en el grupo 2 de la copa.
Al final de la temporada, luego de acceder nuevamente a los cuadrangulares semifinales del Torneo Finalización 2005 con 29 puntos en el octavo lugar, Santa Fe no consiguió clasificar a la final como sí había ocurrido en el Torneo Apertura; quedó al término de esta fase como tercero del cuadrangular B con 8 puntos. González también logró en aquella ocasión la clasificación a los cuadrangulares finales del Torneo Finalización, luego de terminar segundo con 30 puntos, 8 menos que el líder y posterior campeón el Independiente Medellín, ocupando finalmente la tercera posición del grupo B con 7 puntos. Finalmente en el cuadrangular B se enfrentaría a Envigado, América y Bucaramanga ocupando el segundo lugar con 11 puntos, a 1 del clasificado América de Cali, lo cual ocasionó su eliminación en esta ocasión. Santa Fe ocupa el segundo lugar en la fase regular con 74 puntos, 12 menos que el líder y posterior campeón América de Cali, finalmente en el cuadrangular final el equipo sería último, con un total de 7 unidades.