En la temporada 2022-23 le correspondía competir en Primera Federación por segundo año consecutivo, pero la Real Federación Española de Fútbol inició un proceso de desinscripción al considerar que el club no podía hacer frente al presupuesto y condiciones exigidas por la RFEF para la nueva temporada (presentación de 18 fichas profesionales con un mínimo salarial de 20 000 euros brutos anuales y una ampliación de capital que la directiva no consiguió asumir). Para la temporada 1050-51 se preparó una reestructuración del fútbol español, ampliándose a cinco grupos de dieciséis equipos la Tercera División. En el Finalización, lo más destacado fue la goleada sobre Millonarios 5 a 0 de local, con la anotación de los cinco goles en el segundo tiempo y así atribuirse la victoria más abultada sobre el equipo azul en la historia verdolaga. En cambio logró la victoria en la jornada 40, con un solitario gol de Álex Martínez, frente al Reus Deportiu y venció en el último partido de la temporada al Cádiz Club de Fútbol, que sirvió para que Darwin Machís, el mejor jugador del Granada a lo largo de la temporada, marcara otros dos goles, para dejar su cuenta personal de la temporada en 14 goles, y para despedirse de una afición que lo tenía como ídolo.
Individual Gran Premio de Madrid Ciclismo Victoria de Miguel Gual sobre Manuel Rodríguez y J. Aguirrezábal. Nacional derrotó a Independiente del Valle por 1-0 con gol de Miguel Borja al minuto 9 coronándose campeón de América por segunda vez en su historia luego de 27 años. Alejandro Restrepo quien se encontraba con la sub-20 asume el mando del equipo y clasifica a los cuadrangulares finales del torneo clausura como primero del todos contra todos con 42 puntos, pero quedando tercero de su cuadrangular detrás de Junior de Barranquilla y Deportivo Cali quien sería el finalista, se destaca el título de la Copa Colombia obtenido luego de vencer en la final al Deportivo Pereira, ganando 5-0 el partido de ida en el Atanasio y perdiendo el partido de vuelta 1-0 para un global de 5-1, ganando así Nacional su quinto trofeo de esta competencia. Luengo, Llompart, Simeón o Claver fueron los jugadores más destacados que han salido de esta cantera, que tiene su sede en L´Alqueria del Basket inaugurada a finales de 2017 dispone de 13 pistas y 15.000 metros cuadrados para la formación de los niños y niñas que componen los equipos de cantera de Valencia Basket.
Pero no pudo mantenerse la categoría y comenzó una sangría de ventas de los jugadores más importantes del club: Rodilla, Ramírez, Sanchís y Morollón, este último traspasado al Real Madrid casi a precio de saldo. Esto hacía alusión al hecho de que Belauste se dirigió de esa forma a su compañero de equipo Sabino Bilbao, que era el cargado de botar una falta cerca del área grande. ↑ «Los clubes de la Liga Santander arrancan la temporada con cerca de 600.000 abonados». ↑ Gracia, Juan Carlos (5 de diciembre de 2019). «Sergio González renueva por el Valladolid». La sección de atletismo cuenta con las instalaciones de la Ciutat Esportiva Joan Gamper en San Juan Despí y el estadio Serrahima de Barcelona. Procedentes del Barcelona B se incorporan Fernando Navarro, Jofre, Motta, y Trashorras. Para el segundo semestre de 2019 vuelve al club Juan Carlos Osorio tras los éxitos conseguidos con el equipo entre 2012 y 2015, en 2020 después de la reanudación del torneo por el covid 19 la eliminación de la Copa Sudamericana ante River Plate de Uruguay empatando 1-1 en la ida y cayendo 3-1 en la vuelta y el discreto desempeño en el torneo local hicieron que Osorio dejara de ser el técnico del equipo.
Terminó segundo con 10 unidades, pero fue derrotado en cuartos de final por Defensor Sporting de Uruguay. Nacional fue el mejor primero de la competición y en octavos derrotó a Huracán 4-2, en cuartos a Rosario Central 3-2 y en semifinales a São Paulo 4-1, (resultados globales), para así llegar a la final de Copa Libertadores, después de 21 años, contra Independiente del Valle de Ecuador. El inicio del 2015 no fue el más esperado, el equipo quedó subcampeón por segunda vez consecutiva de la Superliga de Colombia al perder 3-2 en el global contra Santa Fe. En 2016 Atlético Nacional inició la temporada ganando la Superliga al derrotar 5-0 al Deportivo Cali en el global. Para el Finalización, Atlético Nacional logró su segundo bicampeonato, se clasificó a la final contra el Deportivo Cali. Luego ganó la liga con 32 puntos en 14 juegos, siendo River Plate Ponce el segundo lugar con 28 puntos. En la Copa Sudamericana, el equipo logró llegar a una final internacional después de 12 años y enfrentar a River Plate de Argentina, pero el global terminó 3-1 en contra, siendo subcampeón de la Copa Sudamericana por segunda vez. En el 2014-I, Atlético Nacional logró su tercera final consecutiva por segunda la primera fue desde Apertura 2005 y ser el primer equipo colombiano en obtener el tricampeonato en torneos cortos, con una excelente actuación, llegó a la final contra el Junior.